Na cidade japonesa Fuyuki acontece uma guerra chamada Seihai Sensou, na qual sete magos, que possuem a habilidade de invocar os seus servos(que possuem almas que viveram no passado como heróis), batalham entre si pelo Cálice Sagrado, um artefato que possui poderes para realizar qualquer desejo do mago e do servo que o conseguirem.
A história começa quando um rapaz chamado Emiya Shirou por acaso vê a luta entre dois servos, Archer e Lancer. Como a guerra é um segredo, Lancer o fere mortalmente. Mas uma aluna de sua escola, Tohsaka Rin,(a mestra de Archer) o salva. Lancer o persegue e o ataca novamente, e no momento crítico, Shirou acaba invocando Saber, seu novo servo.